בשנת תשנ"ג פנו קברניטי הקיבוץ הדתי לרב שמואל ריינר, אז רב קיבוץ טירת צבי, בבקשה שיבדוק אפשרות לפתיחת ישיבת "שילוב" נוספת ברוח הקיבוץ הדתי – אחות לישיבה בעין צורים (שנסגרה בינתיים) – הפעם בצפון. הרב ריינר פנה לידידו הרב יהודה גלעד, רב קיבוץ לביא, ושניהם עמלו על גיוס תלמידים ורבנים. כמקום נבחר קיבוץ מעלה גלבוע, לא רק בגלל הנוף הייחודי והנפלא, אלא גם משום הצורך בחיזוק המקום שסבל מחוסר יציבות באוכלוסייתו. הקיבוץ מינה את מורדי שטיין ז"ל לנהל את הישיבה בראשית דרכה, ולהיות אחראי על הקשר בינה לבין הקיבוץ.

לאחר שנה קמה הישיבה בראשות הרב ריינר והרב גלעד, אליהם הצטרף כר"מ הרב מאיר רובינשטיין, חבר קיבוץ לביא. הרב דוד ביגמן, חבר קיבוץ מעלה גלבוע, עוד כיהן באותה שנה כראש ישיבת הקיבוץ הדתי בעין-צורים, והעביר בישיבה החדשה שבגלבוע שיעור כללי פעם בשבוע. בשנה שלאחר מכן חזר הרב ביגמן למעלה גלבוע, והצטרף לראשות הישיבה.

בית המדרש שכן תחילה בבית הכנסת של הקיבוץ, והתלמידים המועטים גרו בדירות הקיבוץ ובקרוונים. כעבור עשור לערך נבנו פנימיות חדשות עבור הכמות הגדלה של תלמידי הישיבה, ובתחילת שנת תשס"ה, כשהישיבה כבר נזקקה לכ-120 מקומות לימוד ביום-יום, עברה למקום משכנה הנוכחי. הישיבה רכשה מהקיבוץ שטח מרווח על צלע ההר, ושם נחנכו בית מדרש מאיר פנים, קמפוס רחב ידים ומדשאות רחבות, כולם צופים אל נופו האינסופי של עמק המעיינות. זקני הקיבוץ יודעים לספר שהמבנה שהפך לבית המדרש שימש בתקופת האחזות הנח"ל חלקו כחדר אוכל וחלקו כבית כנסת, ומאוחר יותר כמכבסה. חלק מהכיתות שוכנות במבנה בית המדרש, ואחרות שוכנות במגדל שמולו. "המגדל" היה מבנה הקבע הראשון על הגלבוע, ובראשית ימי הקיבוץ שימש לתפקידים מגוונים. גם היום אשר אפשר לזהותו מרחוק מרחבי העמק והגליל.

בשנת תשס"ט חנכנו את מבנה הספריה, בצמוד למבנה בית המדרש. במבנה זה שוכנת ספריה עשירה בת אלפי ספרים מגוונים, העוסקים בענפי התורה השונים – תלמוד והלכה, מקרא ומחשבת ישראל, ובתוכה נמצאת גם ספריית רוחב הדעת. בקומת התחתונה של מבנה זה שוכן אולם מרווח ולידו רחבה גדולה, המתאימים לכנסים ולאירועים. על גג מבנה הספריה, בצמוד לבית המדרש, נבנתה מרפסת רחבת ידיים הפונה לנוף המקסים של העמקים.

ישיבת מעלה גלבוע הוקמה מתוך צורך חיוני שלא ניתן לו מענה מספק בזמנו. חָסַר לנו מקום המציע לימוד תורה מעמיק ויסודי שאינו מוותר על פתיחות לרוחות המנשבות בחללו של עולם, ואינו חושש לבחון בכנות וביושר את השאלות המטרידות של עולמנו המודרני והפוסט-מודרני – שאלות ערכיות, מוסריות, מחשבתיות ודתיות. לשמחתנו, תפיסות אלו, שהיו חדשניות ופורצות דרך לפני למעלה מעשרים שנה, קנו להן שביתה במשך הזמן בקרב ציבור גדול – מוסדות, קהילות ואנשים רבים שהפכו שותפים לדרך. אף על פי כן, המציאות המשתנה מעלה תדיר שאלות המתחדשות בכל יום, בחלקן שאלות קשות ונוקבות, ואיננו רואים עצמנו בני חורין לשקוט על שמרינו ולהתעלם מהן. אנו שואפים להיות חלוצים לפני המחנה בעיסוק במגוון נושאים, ללא משוא פנים.